
Historia powstania kościoła sięga 1626 roku. Wówczas trzej żołnierze szwedzcy znajdujący się w Braniewie postanowili dla zabawy postrzelać sobie do obrazu Świętej Trójcy. Co się okazało w miejscach gdzie kule podziurawiły obraz zaczęła sączyć się czerwona ciecz. Uznano, że to cud. Na polecenie następcy tronu królewicza Władysława obraz przeniesiono do Warszawy. Na Zamku Królewskim obraz przebywał prawie 40 lat. W miejscu tamtych wydarzeń wzniesiono drewnianą Kapliczkę do której 12 października 1672 roku przeniesiono obraz.
Pielgrzymi coraz tłumniej przybywali do kaplicy gdyż powszechnie mówiono o wielkich cudach jakie dokonują się przy obrazie. W związku z tym postanowiono rozbudować niewielką kaplicę do rozmiarów kościoła. Wzniesiono go w latach 1722 -1747 na planie krzyża greckiego i zwieńczono dużą kopułą.
Wewnątrz można podziwiać bogaty barokowy wystrój. Szczególnie godne uwagi są wspaniale zdobione ołtarze, główny z obrazem Ukrzyżowanego Chrystusa pochodzi z 1739 roku. Ciekawa jest również ambona zdobiona figurkami oraz witraże z początku XX wieku.